被全球通緝的危險黑客組織Phantom20突然對日本金融界的中樞機構光明銀行進行網路攻擊！光明銀行副行長宇田川（中尾彬 飾）一籌莫展之際，警方在警視廳刑事部長浪越謙次朗（香川照之 飾）的指揮下，在搜查總部秘密采取應急措施，卻依然對罪犯束手無策。但是，一名男子拯救了這一前所未有的危機。他就是明智小五郎（西島秀俊 飾）一位率領着一支實力超群的黑客技術團隊TeamBD，自身也擁有豐富的網路知識和高超技術的人物！浪越看中了明智小五郎的才華，便派警視廳網路搜查支援室的主任小林芳雄（伊藤淳史 飾）去聘請他做網路犯罪搜查方面的顧問。緊接着，浪越就委托明智鎖定某起案件的罪犯。大概在半個月之前，有人将包括原未成年犯現住址在内的絕密資料發布到了網上！浪越擔心原未成年犯遭到二次傷害，一心只想盡快将罪犯抓捕歸案。明智立刻破解了問題網站上出現的暗號，成功接觸到自稱SHADOW的罪犯。與此同時，SHADOW針對真正的目标展開行動。SHADOW宣布要對最初的目标進行制裁，并給出難解的暗號作為提示！破解暗號的期限為60分鍾。面對SHADOW下的戰書，明智面露無所畏懼的微笑正面應戰。但是！？