正德十六年，武宗駕崩，朱厚熜即位，建元嘉靖。李言聞被封為太醫院吏目。 　　李言聞好友吳藥師因治錯小郡主的病，被關入牢中。吳藥師臨終托孤，将女兒吳斯語許配給李時珍。 　　長大后李時珍進陽明書院學習，和荊王府世子朱成翊成為同學。朱成翊希望拉攏李時珍為自己所用，卻被李時珍嚴詞拒絕。朱成翊遂與李時珍成了死對頭。 　　李時珍偶遇一個美麗的少女朱苌葶，卻發現她脈象異常，命不久已。李時珍給她治療多年頑症，兩人産生愛慕之情。一次偶然的機會，李時珍發現少女居然是荊王府郡主。 　　李時珍希望能考取功名，得個一官半職，與苌葶也不是不可能。朱成翊得知李時珍趕考，便派人買通主考官。 　　李時珍被考官誣陷舞弊，趕出考場。李時珍心結郁積，一病不起。 　　苌葶暗中派人送信與李時珍商量私奔，得不到任何回應，失望之餘病情加重，也卧倒不起。荊王急忙下令要李言聞替女兒看診，可是李時珍命在旦夕，李言聞根本無法離開。危急時刻，斯語出面坦承自己的藥膳是治療郡主的關鍵，立下生死狀，進入荊王府救治苌葶。 　　成翊要求斯語留在自己身邊，在王府享受榮華富貴，被斯語拒絕。 　　李時珍終于和斯語完婚，并且跟随父親正式開始行醫。　　李時珍經過幾輪考試，終于進入太醫院。 　　此時朱苌葶拜道士陶仲文為師，整日沉迷于煉丹食丹不能自拔；而藍行義則和已成為楊妃的楊雪英勾結，利用所學醫術，在後宮興風作浪；朱成翊也來到京城，和嚴世蕃勾結一氣，貪淫無道；景王和裕王争奪太子之位，嚴嵩和徐階兩派政治鬥争激烈。李時珍卷入這波瀾詭谲陰謀重重的宮廷鬥争之中…… 　　李時珍發現苌葶體内有鉛中毒的迹象，于是勸解苌葶暫停服丹，苌葶不聽，兩人發生激烈争執。 　　李時珍向嘉靖進言，請求皇上别再服食丹藥，嘉靖大怒，駁回他重修本草的提議。嘉靖吃了苌葶進獻的長生不老丹藥，忽然病重暈倒。嚴嵩父子趁機把責任推到李時珍身上，将其下獄。 　　郡主查出其實始作俑者是朱成翊和嚴世蕃采辦回來的假鹿茸。嚴世蕃将朱成翊推到前面成為替罪羊。嘉靖将朱成翊斬首，荊王痛失愛子。 　　李時珍終于進入太醫院禁地查找武宗之死的真正原因，他發現武宗之死竟是一個巨大的陰謀，而且與嘉靖有關……李時珍為華南洗冤昭雪的想法成為泡影。 　　郡主積毒已久，終于身亡。李時珍心灰意冷，萌生去意。他将全部精力投入到修本草上，希望從此人們能辨别真僞，世間不再有假藥害人。 　　李時珍回到蕲州，風餐露宿，親身試藥，為修本草收集第一手資料。 　　當年的倭寇小藤以商人身份來找李時珍拜師學醫。李時珍見其誠懇，收留了他。小藤發現《本草綱目》書稿，頓生賊心。他趁李時珍不備，偷走書稿。斯語阻止小藤，雖保住了書稿，但不幸被殺害。李時珍悲痛欲絕。 　　萬曆十四年前後，《本草綱目》編寫完成，王世貞答應為該書寫序。萬曆接到王世貞的上疏，下令讓李時珍進京獻書。可正當李時珍準備動身之際，蕲州附近開始流行“天花”，李時珍決定暫不進京，趕赴疫區為百姓治病。劇照圖冊2(11張)　　在李時珍等人的努力下，“天花”得到控制。可李時珍自己卻因過度勞累病倒了。臨終時，李時珍囑咐建元将《本草綱目》進奉于朝，福澤天下后世。在幻覺中，李時珍仿佛看到《本草綱目》被進奉給皇上的情景。 　　三年後，李建元将《本草綱目》進獻給神宗。 　　神宗派使者将《本草綱目》送往日本、朝鮮等地，使我中華文明福澤世界。