《遊戲王-怪獸之決鬥》改編自漫畫《遊戲王》，于2000-2004年之間在東京電視台播出。故事以漫畫劇情為主，但因為中途漫畫故事情節進度跟不上，故加插大量漫畫沒有的劇情和人物。此舉為脫離“原作”獨立創作故事奠定下基礎。決鬥者王國篇一卷神秘的錄像帶，千年神器中千年眼的擁有者，貝卡斯·J·克羅佛多在錄像帶中使用黑暗決鬥向武藤遊戲挑戰，但武藤遊戲卻因為時間終止而敗北，武藤雙六的靈魂也因此被千年眼的力量封印在靈魂封印卡中（漫畫版為貝卡斯寄給遊戲的錄像帶），武藤遊戲為了救回靈魂被囚禁的爺爺，與夥伴們前往決鬥者王國找貝卡斯決鬥，與互信的夥伴們以及心中的另一個自己并肩作戰。戰鬥城市前篇決鬥者王國一戰結束，武藤遊戲的知名度瞬間上升，神秘的埃及石闆來到日本展覽，牽扯出千年神器的秘密、三千年前的戰鬥、三張神之卡，還有隱藏在千年積木中的無名法老王的記憶，海馬濑人在一個機緣下得到了神之卡的其中一張：歐貝利斯克的巨神兵，而他為了得到剩餘的二張神之卡，在童實野市舉辦了戰鬥城市大賽，并且以賭牌當作規則，同時新的次世代決鬥盤也跟着亮相，而武藤遊戲為了尋找心中的另一個自己的記憶，也就是無名法老王的記憶，必須搜集三張神之卡，也參加了這場大賽，各路好手為了搜集六張拼圖卡，得到最後的參賽權，紛紛展開決鬥；神秘的古魯斯集團派出的蕾雅卡獵人也參雜其中。乃亞篇（動畫原創）戰鬥飛行船行駛人工島的途中，飛行船系統卻遭受到外來的入侵改寫了系統，因而改變了航線，阻擋在武藤遊戲等人面前的這個巨大機動要塞究竟是什麽？而又出現了神秘的人，自稱是“五巨頭”，他們還要武藤遊戲等人的身體，一場賭上各人性命的決鬥，而他們又發現五大老的頭，叫乃亞的小孩，卻是剛三郎（海馬的養父）的兒子！！一場大戰即将展開。戰鬥城市後篇戰鬥城市最終決戰開始，每個決鬥者都各自有戰鬥的理由，城之内為了成為真正的決鬥者、救出被馬利克進行黑暗遊戲懲罰的孔雀舞，海馬為了與宿敵遊戲決鬥、為了鏟除可惡的古魯斯首腦并得到太陽神、為了完成海馬樂園的夢想，遊戲為了實現與城之内的諾言、與海馬宿命的對決、救出被暗馬利克施予黑暗遊戲懲罰的人們、更為了自己遺失的記憶，他向馬利克宣戰。多瑪篇（動畫原創）戰鬥城市結束后，武藤遊戲遭受到了不知名力量的阻擋，而三張神之卡也被名為多瑪三劍客的人搶走，這個神秘的多瑪組織搶走神之卡的目的究竟是什麽，神秘的卡片——“奧利哈剛的結界”擁有的黑暗能量，又會帶給使用這張卡片的人什麽樣的改變；黑魔導女孩從精靈的世界降臨，向武藤遊戲請求援助，人類世界與精靈世界的命運會如何，無名的傳說之龍又會怎麽樣的幫助遊戲等人。海馬集團大賽篇（動畫原創）多瑪事件結束后，武藤遊戲和同伴因沒錢回不到日本，無奈之下請求海馬公司，卻陰差陽錯的參加了海馬集團為維護聲譽的比賽。全世界的決鬥者聚集在這，一場别開生面的比賽就此展開。王之記憶篇為了尋找寄宿在千年積木中無名法老王靈魂的真實姓名與記憶，武藤遊戲與朋友們踏上了埃及之旅，在記憶石闆的背後，解開了無名法老王的過去記憶，暗貘良也趁此時蠢蠢慾動，利用了千年智慧輪的黑暗力量，在千年積木内進行了一場黑暗RPG，這場黑暗RPG遊戲中，直接以無名法老王的記憶當作背景，暗遊戲必須從這場黑暗遊戲中找回自己的真實姓名、得知自己的過去，并且打敗大邪神佐克，再一次封印，否則大邪神佐克也會在現實世界中复活。共有224集。