工藤新一是全國著名的高中生偵探，在一次追查黑衣人犯罪團夥時不幸被團夥成員發現，擊暈后喂了神奇的藥水，工藤新一變回了小孩！新一找到了經常幫助他的阿笠博士，博士為他度身打造不少間諜武器。為了防止犯罪團夥對他進行報复，新一決定隱姓埋名，暗中追查他們，希望能得到解藥。一日，新一的女友毛利蘭來到了阿笠博士的家尋找男友的下落，被小蘭撞見的新一情急之下編造了自己名叫江戶川柯南，随后柯南寄居在了小蘭家。小蘭的父親毛利小五郎是一名私家偵探，新一可以籍着和他一起四出辦案一起追查黑夜人的下落。柯南在小學認識步美等小學生，他們一起組織了一個少年偵探團，向罪犯宣戰！