故事的舞台是互聯網系統發達的都市「DEN CITY」。在那裡有經由巨型企業「SOL技術社」通過高度的網路技術構築而成的被稱為「LINK VRAINS」的VR空間。人們都在那個VR空間中為體驗到全新的決鬥而狂熱。可是在「LINK VRAINS」中卻出現了利用決鬥來進行黑客行為的謎之黑客集團「海諾因騎士團」。而他們的目标是将存在于互聯網的某處的“AI們的世界=電子界”毀滅。然而在世界受到這樣的威脅時，有一名決鬥者站了出來。而他的名字正是「Playmaker」。在那場傳奇的戰鬥中，「Playmaker」使用壓倒性的決鬥将「海諾因騎士團」打倒，成功捕獲了「SOL技術社」和「海諾因騎士團」都想要得手的迷之AI程序。一度拯救了世界，然後卻突然消聲匿迹了，而他的名字就在互聯網的世界中一瞬間變得聲名遠播，成為了傳說。而現在，作為「Playmaker」的正體的某位高中生藤木遊作，為了尋找過去發生的某件事件的真相，對再次在「VRAINS」出現的「海諾因騎士團」展開了追擊......  以此為契機，命運的齒輪就此轉動……迷之AI的真身，「海諾因騎士團」盯上「Link Vrains」的目的，以及隱藏在遊作過去的真相到底是———所有的答案，都在「Link Vrains」中