男主角海神航，是一個麻木不仁、只為學業奮鬥的少年。故事一開始在煩嚣的東京，正是考試放榜的日子，航和他的同窗兼朋友燦緒去看成績，一心想着勝利是理所當然的他，卻發現榜上沒有他的編號！原來是因為選錯多項選擇的答案了。于是學校考不上，而一直照顧航的管家，亦要離他而去！正當事情達到這樣糟糕的時候，突然兩神秘人出現，說恭喜航受推薦入讀一間神秘學校，而該學校竟在一個神秘的島上－－Promised Island...... 航本來萬分不願意，但因毫無選擇，只好出發，到了島上，發現處處透着古怪，除了不斷看到貌似管家的老人，扮成不同角色在航的身邊出現外，最駭人聽聞的是，十二位美麗可愛的女孩，先后出現，還自認是航的妹妹！就是這樣，航就在這島上，和十二個不同性格的“妹妹”住在一起，揭開他人生中最華麗的一頁......同時，另一位叫真深的女孩，冒認是航的第十三位妹妹，混入Welcome House中和航給妹妹們一起居住，借以監察航的一舉一動，她更時常和一神秘人作電郵通信，他們的目的是讓小航回到毫無希望的東京。